Sejarah Desa Banjarbendo berdasarkan cerita yang berkembang, Desa Banjarbendo terbentuk sekitar tahun 1400 M, ini dikuatkan dengan keberadaan makam cina di Dusun Dukuh Desa Banjarbendo.

Penyebutan nama Banjarbendo, dari cerita panjang para sesepuh desa yang mengatakan bahwa nama tersebut berawal dari banyaknya pohon Bendo yang berjajar sepanjang jalan desa, sejak saat itulah kawasan itu disebut dusun Banjarbendo. Kondisi masyarakatnya saat itu sudah mengalami kehidupan yang cukup mapan karena mayoritas warga bermata pencarian petani dengan lahan persawahan yang luas dan sangat subur. Kini dengan perkembangan kawasan hunian dan munculnya era industri, maka lahan pertanian berkurang hingga tinggal tersisa kurang lebih 10 Ha. Masyarakat banyak memiliki pendidikan dan ketrampilan lebih memilih bekerja dibidang industri dan perkantoran.

Ada wilayah atau bagian dari desa banjarbendo yang juga riwayatnya hampir sama yaitu Dusun Banjarpoh. Konon dahulu wilayah ini sepanjang jalan dan halaman rumah banyak ditanami pohon mangga yang dalam bahasa Jawa disebutPoh, akhirnya dikenal orang lain disekitarnya disebut dan dikenal dengan Banjarpoh hingga kini.

Terbentuknya Desa Banjarbendo terdiri dari penggabungan 3 (tiga) dusun yaitu, Dusun Dukuh, Dusun Banjarbendo, dan Dusun Banjarpoh, dengan kesepakatan bersama para sesepuh Dusun Banjarbendo ditetapkan sebagai ibukota desa dan dijadikan nama Desa Banjarbendo.

 Kepemimpinan Desa Banjarbendo mengalami sekurangnya 5 (lima) kali kepemimpinan pemeritahan yaitu

1. Sebelum berlakunya UU nomor 5 tahun 1974 dan UU tahun 1979 sampai dengan tahun 1975 Kepala Desa dijabat oleh H.SIRADJ dan Carik ( Sekdes ) dijabat oleh ISMAN.
2. Setelah berlakunya UU nomor 5 tahun 1974 dan UU nomor 5 tahun 1979, sejak tahun 1976 sampai tahun 1982 Kepala Desa dijabat oleh Drs. H.SUEF ANTONO dan Carik (Sekdes) dijabat oleh ABDULLAH.
3. Tahun 1982 Kepala Desa dijabat oleh DOSO RAHARDJO dan carik (Sekdes) dijabat oleh ABDULLAH.
4. Tahun 1990-2013 Kepala Desa dijabat oleh SUGENG BAHAGIA, SH dan carik (Sekdes) sampai tahun 1997 dijabat oleh ABDULLAH, lalu tahun 1997 sampai tahun 2013 dijabat oleh H.M KUSONO.
5. Tahun 2013 - 2019 Kepala Desa dijabat oleh H. YUNI ASMA BUDI dan carik (Sekdes) dijabat oleh H.M KUSONO, lalu tahun 2017 sampai awal tahun 2019 dijabat oleh SIDDHA TANTRI, SE.
6. Tahun 2021 hingga sekarang Kepala Desa dijabat oleh SUGENG BAHAGIA,SH dan Carik (Sekdes) sejak pertengahan Pebruari 2019 dijabat oleh DRS.KUSNADI